结合了抗体的磁珠或树脂（Beads）与样本裂解液孵育，通过”抗原-抗体“之间的免疫作用，诱饵蛋白被吸附在Beads上，与此同时，诱饵蛋白的互作蛋白，也一起“共沉淀”到Beads上。洗涤去掉未结合的蛋白后，再用洗脱缓冲液将互作蛋白复合物从Beads上洗脱下来，得到免疫共沉淀（Co-IP）产物。Co-IP产物既可以用Western Blot检测已知蛋白，也可以用质谱鉴定未知蛋白。
当没有合适的诱饵蛋白抗体时，还可以通过表达融合了Flag标签的诱饵蛋白，利用Flag标签抗体做免疫沉淀。即样本过表达Flag-Bait，经裂解后与anti-Flag珠子孵育，诱饵融合蛋白与Beads结合，其互作蛋白“共沉淀”到Beads上，再经洗涤、洗脱后，用WB或质谱检测。
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