ChIP（chromatin immunoprecipitation assay, 染色质免疫共沉淀）是研究体内DNA与蛋白结合的重要技术，主要包括ChIP-qPCR和ChIP-seq两种；其中ChIP-qPCR用来验证与目标蛋白结合的已知DNA片段，ChIP-seq用来筛选与目标蛋白结合的未知DNA片段。
先用甲醛交联细胞内“蛋白-DNA”复合物，并用超声波破碎DNA至适合的长度。细胞裂解后，孵育结合了抗体的珠子，诱饵蛋白通过其抗体便结合到了Beads上，同时和诱饵蛋白互作的DNA，也一起沉淀到Beads上。洗涤掉未结合的DNA后，再用洗脱液将DNA-蛋白复合物从Beads洗脱下来，便得到染色质免疫共沉淀产物。DNA-蛋白复合物去交联后，既可qPCR检测已知DNA片段，也可用二代测序与蛋白互作的DNA片段。
当没有合适的诱饵蛋白抗体时，可以通过表达融合了flag标签的诱饵蛋白，利用flag标签做免疫沉淀。即细胞过表达Flag-Bait，经裂解后与anti-Flag珠子孵育，诱饵融合蛋白与Beads结合，与诱饵融合蛋白互作的DNA“共沉淀”到Beads上，再经洗涤、洗脱后做qPCR或NGS测序。
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